Francisco nace en 1506, en el castillo de Javier en Navarra, cerca de Pamplona, España. Es el benjamín de la familia. A los dieciocho años va a estudiar a la Universidad de París, en el colegio de Santa Bárbara, donde en 1528 obtiene el grado de licenciado. Dios estaba preparando grandes cosas, por lo que dispone que Francisco Javier tenga como compañero de pensión a Pedro Fabro, que sería como él jesuita y luego beato. También providencialmente conoce a un extraño estudiante llamado Ignacio de Loyola, ya bastante mayor que sus compañeros. Al principio Francisco rehusa la influencia de Ignacio, que le repetía la frase de Jesucristo: «¿De qué le sirve a un hombre ganar el mundo entero, si pierde su vida?». Este pensamiento al principio le parece fastidioso y contrario a sus aspiraciones, pero poco a poco va calando y retando su orgullo y vanidad. Por fin san Ignacio logra que Francisco se aparte un tiempo para hacer un retiro especial que el mismo Ignacio había desarrollado basado en su propia lucha por la santidad. Se trata de los «Ejercicios Espirituales». Francisco es guiado por Ignacio en aquellos días de profundo combate espiritual y queda profundamente transformado por la gracia de Dios. Comprende las palabras de Ignacio: «Un corazón tan grande y un alma tan noble no pueden contentarse con los efímeros honores terrenos. Tu ambición debe ser la gloria que dura eternamente».

Llega a ser uno de los siete primeros seguidores de san Ignacio, fundador de los jesuitas, consagrándose al servicio de Dios en Montmatre, en 1534. Hacen un voto de absoluta pobreza, y resuelven ir a Tierra Santa para comenzar desde allí su obra misionera, poniéndose en todo caso a total disposición del Papa. Junto con ellos recibe la ordenación sacerdotal en Venecia, tres años más tarde, y con ellos comparte las vicisitudes de la naciente Compañía. Abandonado el proyecto de Tierra Santa, emprenden camino hacia Roma, en donde Francisco colabora con Ignacio en la redacción de las Constituciones de la Compañía de Jesús.

En 1540, san Ignacio envía a Francisco Javier y a Simón Rodríguez a la India en la primera expedición misional de la Compañía de Jesús. Para embarcarse, Javier llega a Lisboa hacia fines de junio. Inmediatamente va a reunirse con el padre Rodríguez, quien se ocupaba de asistir a los enfermos en el hospital donde vive. Javier se hospeda también ahí y ambos solían salir a anunciar en la ciudad. Pasan los domingos oyendo confesiones en la corte, pues el rey Juan III los tenía en gran estima. Por esa razón el P. Rodríguez debe quedarse en Lisboa. También Francisco Javier se ve obligado a permanecer ahí ocho meses y un día escribe a san Ignacio: «El rey no está todavía decidido a enviarnos a la India, porque piensa que aquí podremos servir al Señor tan eficazmente como allí». Pero Dios tenía otros planes y Francisco Javier parte hacia las misiones el 7 de abril de 1541, cuando tenía 35 años. El rey le entrega un documento por el que el Papa lo nombraba nuncio apostólico en el oriente. El monarca no logra conseguir que acepte más que un poco de ropa y algunos libros. Tampoco Javier quiere llevar consigo a ningún criado, alegando que «la mejor manera de alcanzar la verdadera dignidad es lavar los propios vestidos sin que nadie lo sepa». Con él parten a la India el P. Pablo de Camerino, italiano, y Francisco Mansilhas, un portugués que aún no había recibido las órdenes sagradas. En una afectuosa carta de despedida que Javier escribe a san Ignacio, le dice a propósito de este último, que posee «un bagaje de celo, virtud y sencillez, más que de ciencia extraordinaria».

Otros cuatro navíos completan la flota. En el barco viajaba el gobernador de la India, Don Martín Alfonso Sousa y, además de la tripulación, hay pasajeros, soldados, esclavos y convictos. Entre la tripulación y entre los pasajeros hay gente de toda clase y Javier tiene que mediar en reyertas, combatir la blasfemia, el juego y otros desórdenes. Los domingos predica al pie del palo mayor. Convierte su camarote en enfermería y se dedica a cuidar a todos los enfermos, a pesar de que, al principio del viaje, los mareos le hacen sufrir mucho a él también. Pronto se desata a bordo una epidemia de escorbuto y sólo los misioneros se encargaban del cuidado de los enfermos. La expedición navega meses para alcanzar el Cabo de Buena Esperanza en el extremo sur del continente africano y llegar a Mozambique, donde se detuvo durante el invierno; después sigue por la costa este de África oriental y se detuvo en Malindi y en Socotra. Por fin, la expedición llega a Goa, el 6 de mayo de 1542.

Goa era colonia portuguesa desde 1510. Hay ahí un número considerable de cristianos, con obispo, clero y varias iglesias. Pero muchos portugueses se habían dejado arrastrar por la ambición y los vicios, y muchos abandonaban la fe. Los sacramentos habían caído en desuso; se usa el rosario para contar el número de azotes que mandaban dar a sus esclavos. La escandalosa conducta de los cristianos aleja de la fe a los indígenas. Esto fue un reto para Francisco Javier. El misionero comienza por instruir a los portugueses en los principios de la fe y a formar a los jóvenes en la práctica de la virtud. Después de pasar la mañana en asistir y consolar a los enfermos y a los presos, en hospitales y prisiones miserables, recorre las calles tocando una campanita para llamar a los niños y a los esclavos al catecismo. Estos acuden en gran cantidad y el santo les enseña el Credo, las oraciones y la práctica de la vida cristiana. Todos los domingos celebra la misa a los leprosos, predica a los cristianos y a los hindúes y visita las casas. Su amabilidad y su caridad con el prójimo le ganan muchas almas. Uno de los pecados más comunes era el concubinato de los portugueses con las mujeres del país. Javier predica la moral cristiana, demostrando que no contradecía ni al sentido común, ni a los instintos verdaderamente humanos. Para instruir a los pequeños y a los ignorantes, Javier solía adaptar las verdades del cristianismo a la música popular, un método que tiene tal éxito que, poco después, en toda Goa cantan las canciones que él había compuesto.

Cinco meses más tarde se entera de que en las costas de la Pesquería, que se extienden frente a Ceilán desde el Cabo de Comorín hasta la isla de Manar, habita la tribu de los paravas. Estos habían aceptado el bautismo para obtener la protección de los portugueses contra los árabes y otros enemigos; pero, por falta de instrucción, conservan aún las supersticiones del paganismo. Javier parte en auxilio de esa tribu que «sólo sabía que era cristiana y nada más». El santo hizo trece veces aquel peligroso viaje, bajo el calor del sur de Asia. A pesar de la dificultad, aprende el idioma nativo y se dedica a instruir y confirmar a los ya bautizados. Los paravas, que hasta entonces no conocían siquiera el nombre de Cristo, reciben el bautismo en grandes multitudes. Al respecto, Javier informa a sus hermanos de Europa que a veces tenía los brazos tan fatigados por administrar el bautismo, que apenas podía moverlos. Los generosos paravas, de la casta baja, dan a Javier una acogida muy calurosa, en tanto que los brahmanes, de clase alta, reciben al santo con gran frialdad, y su éxito con ellos fue tan reducido que, tras un año, sólo había logrado convertir a un brahmán.

Por su parte, Javier se adapta plenamente al pueblo con el que vive. Con los pobres come arroz y duerme en el suelo de una choza. Javier regresa a Goa en busca de otros misioneros y vuelve a la tierra de los paravas con dos sacerdotes y un catequista indígena y con Francisco Mansilhas, a quienes deja en diferentes puntos del país. El santo escribe a Mansilhas una serie de cartas que constituyen uno de los documentos más importantes para comprender el espíritu de Javier y conocer las dificultades con que se enfrentó.

Nada podía desanimar a Francisco. «Si no encuentro una barca -dijo en una ocasión- iré nadando». Al ver la apatía de los cristianos ante la necesidad de evangelizar comenta: «Si en esas islas hubiera minas de oro, los cristianos se precipitarían allá. Pero no hay sino almas para salvar». Deseaba contagiar a todos con su celo evangelizador. El sufrimiento de los nativos a manos de los paganos y los portugueses se convierte en lo que describía como «una espina que llevo constantemente en el corazón». En cierta ocasión, raptan a un esclavo indio y el santo escribe: «¿Les gustaría a los portugueses que uno de los indios se llevase por la fuerza a un portugués al interior del país? Los indios tienen idénticos sentimientos que los portugueses». Poco tiempo después, Francisco Javier extiende sus actividades a Travancore. Es recibido con gran regocijo en todas las poblaciones y bautiza a muchos habitantes. Enseguida escribe al P. Mansilhas que vaya a organizar la Iglesia entre los nuevos convertidos. En su tarea Javier suele valerse de los niños, a quienes divertía mucho repetir a otros lo que acaban de aprender de labios del misionero.

Los badagas del norte cayeron sobre los cristianos de Comoín y Tuticorín, destrozan las poblaciones, asesinan a varios y se llevan a otros muchos como esclavos. Ello entorpeció la obra misional. En cierta ocasión sale solo Javier al encuentro del enemigo, con el crucifijo en la mano, y le obliga a detenerse. Por otra parte, también los portugueses entorpecen la evangelización; así, el comandante de la región estaba en tratos secretos con los badagas. A pesar de ello, cuando el propio comandante tuvo que salir huyendo, perseguido por los badagas, Francisco Javier escribe inmediatamente al P. Mansilhas: «Te suplico, por el amor de Dios, que vayas a prestarle auxilio sin demora». De no haber sido por los esfuerzos infatigables del santo, los badagas hubieran exterminado a los paravas. Hay que decir, en honor de esa tribu, que su firmeza en la fe resistió a todos los embates.

El reyezuelo de Jaffna (Ceilán del norte), al enterarse de los progresos que había hecho el cristianismo en Manar, manda asesinar ahí a 600 cristianos. El gobernador, Martín de Sousa, organiza una expedición punitiva que debía partir de Negatapam. Francisco Javier se dirige a ese sitio; pero la expedición no llega a partir, y decide emprender una peregrinación, a pie, al santuario del Apóstol Santo Tomás en Milapur, donde hay una reducida colonia portuguesa a la que podía prestar sus servicios. Se cuentan muchas maravillas de los viajes de san Francisco Javier. Además de la conversión de numerosos pecadores públicos europeos, a los que se ganaba con su exquisita cortesía, se le atribuyen también otros milagros.

En 1545 escribe una carta desde Cochín al rey de Portugal, hablando del peligro en que estaban los neófitos de volver al paganismo, «escandalizados y desalentados por las injusticias y vejaciones que les imponen los propios oficiales de Vuestra Majestad ... Cuando nuestro Señor llame a Vuestra Majestad a juicio, oirá tal vez Vuestra Majestad las palabras airadas del Señor: '¿Por qué no castigaste a aquellos de tus súbitos sobre los que tenías autoridad y que me hicieron la guerra en la India?'». El santo habla muy elogiosamente del vicario general en las Indias, don Miguel Vaz, y ruega al rey que le envíe nuevamente con plenos poderes, una vez que éste haya rendido su informe en Lisboa. «Como espero morir en estas partes de la tierra y no volveré a ver a Vuestra Majestad en este mundo, ruégole que me ayude con sus oraciones para que nos encontremos en el otro, ciertamente estaremos más descansados que en éste». San Francisco Javier repite sus alabanzas sobre el vicario general en una carta al P. Simón Rodríguez, en donde habla todavía con mayor franqueza acerca de los europeos: «No titubean en hacer el mal, porque piensan que no puede ser malo lo que se hace sin dificultad y para su beneficio. Estoy aterrado ante el número de inflexiones nuevas que se dan aquí a la conjugación del verbo 'robar'».

En la primavera de 1545, Francisco Javier parte para Malaca, donde pasa cuatro meses. Malaca era entonces una ciudad grande y próspera. Albuquerque la había conquistado para la corona portuguesa en 1511 y desde entonces se había convertido en un centro de costumbres licenciosas. El santo es recibido en la ciudad con gran reverencia y cordialidad, y tiene cierto éxito en sus esfuerzos de reforma. Es una época muy activa y particularmente interesante, en un mundo en gran parte desconocido, visitando ciertas islas a las que da el nombre genérico de Molucas y que es difícil identificar con exactitud. Predica y ejerce el ministerio sacerdotal en Amboina, Ternate, Gilolo y otros sitios, en algunos de los cuales había colonias de mercaderes portugueses. Aunque sufre mucho en aquella misión, escribe a san Ignacio: «Los peligros a los que me encuentro expuesto y los trabajos que emprendo por Dios, son primavera de gozo espiritual. Estas islas son el sitio del mundo en que el hombre puede más fácilmente perder la vista de tanto llorar; pero se trata de lágrimas de alegría. No recuerdo haber gustado jamás tantas delicias interiores y los consuelos no me dejan sentir el efecto de las duras condiciones materiales y de los obstáculos que me oponen los enemigos declarados y los amigos aparentes». De vuelta a Malaca, pasa ahí otros cuatro meses predicando, y entonces oye hablar del Japón a unos mercaderes portugueses y conoce a Anjiro, un fugitivo de Japón. Javier desembarca nuevamente en la India, en 1548. Pasa los siguientes quince meses viajando sin descanso entre Goa, Ceilán y Cabo de Comorín, para consolidar su obra (sobre todo el «Colegio Internacional de San Pablo» en Goa) y preparar su partida al Japón, en el que hasta entonces no ha penetrado ningún europeo.

En abril de 1549 parte de la India, acompañado por otro sacerdote de la Compañía de Jesús y un hermano coadjutor, por Anjiro (que toma el nombre de Pablo) y por dos japoneses que se han convertido al cristianismo. El día de la fiesta de la Asunción desembarcan en Kagoshima, Japón. San Francisco Javier se dedica a aprender el japonés y logra traducir una exposición muy sencilla de la doctrina cristiana que repite a cuantos se mostraban dispuestos a escucharlo. Al cabo de un año de trabajo, había logrado unas cien conversiones. Ello provoca las sospechas de las autoridades, que le prohíben que siga predicando. Entonces decide trasladarse a otro sitio con sus compañeros, dejando a Pablo al cuidado de los neófitos. Antes de partir de Kagashima, va a visitar la fortaleza de Ichku; ahí convierte a la esposa del jefe de la fortaleza, al criado de ésta, y a algunas personas más. Diez años más tarde, Luis de Almeida, médico y hermano coadjutor de la Compañía de Jesús, encontró en pleno fervor a esa comunidad aislada.

San Francisco Javier se traslada a Hirado, al norte de Nagasaki. El gobernador de la ciudad acoge bien a los misioneros, y en unas cuantas semanas pueden hacer más de lo que había hecho en Kagoshima en un año. El santo deja esa comunidad a cargo del P. Torres y parte con el hermano Fernández y un japonés a Yamaguchi, en Honshu. Ahí predica en las calles y delante del gobernador; pero no tuvo ningún éxito y la gente de la región se burla de él.

Javier quería ir a Miyako (Kioto), que es entonces la principal ciudad de Japón. Después de un mes en Yamaguchi, donde apenas cosecha algo más que afrentas, prosigue el viaje con sus dos compañeros. Era diciembre y las lluvias, la nieve y los abruptos caminos hicieron el viaje muy penoso. En febrero llegan a Miyako. Ahí se entera de que para tener una entrevista con el gobernador necesita pagar una suma mucho mayor a la que posee. Por otra parte, como una guerra civil hacía estragos en la ciudad, Javier comprende que, por el momento, no podía hacer ningún bien ahí, y vuelve a Yamaguchi quince días después. Viendo que la pobreza de su persona se convertía en un obstáculo para llegar al gobernador, se viste con gran pompa y va al gobernador escoltado por sus compañeros, con toda la regalía de su título de embajador de Portugal. Le entrega las cartas que le habían dado para el caso las autoridades de la India y le regala una caja de música, un reloj y unos anteojos, entre otras cosas. El gobernador queda encantado con esos regalos, da al santo permiso de predicar y le cede un antiguo templo budista para que se aloje mientras estuviese ahí. Habiendo obtenido así la protección oficial, Francisco Javier predica con gran éxito y bautiza a muchas personas.

Habiéndose enterado de que un navío portugués había atracado en Funai, parte para allá y resuelve partir en ese barco a visitar sus comunidades cristianas en la India antes de hacer el deseado viaje a China. Los cristianos del Japón, que eran ya unos 2.000, quedan al cuidado del P. Cosme de Torres y del hermano Fernández. A pesar de las dificultades que sufre, Javier opina que «no hay entre los infieles ningún pueblo más bien dotado que el japonés».

La fe había prosperado en la India durante la ausencia de Javier; pero también se habían multiplicado las dificultades y los abusos, tanto entre los misioneros como entre las autoridades portuguesas, y todo ello necesitaba urgentemente la atención del santo. Javier emprende la tarea con tanta caridad como firmeza. El 25 de abril de 1552 se embarca nuevamente, llevando por compañeros a un sacerdote y un estudiante jesuitas, un criado indio y un joven chino. En Malaca, el santo es recibido por Diego Pereira, a quien el virrey de la India había nombrado embajador ante la corte de China. San Francisco tuvo que hablar en Malaca sobre dicha embajada con don Alvaro de Ataide, hijo de Vasco de Gama, que era el jefe en la marina de la región. Como Alvaro de Ataide es enemigo personal de Diego Pereira, se niega a dejar partir a Pereira y a Javier, tanto en calidad de embajador como de comerciante. Ataide no se deja convencer por los argumentos de Javier, ni siquiera cuando éste le mostró el documento por el que había sido nombrado nuncio apostólico. Por el hecho de oponer obstáculos a un nuncio pontificio, Ataide incurría en excomunión y finalmente permite que Javier parta a China. El santo envía al Japón al sacerdote jesuita y sólo conserva a su lado al joven chino, que se llamaba Antonio. Con su ayuda, espera poder introducirse furtivamente en China, que hasta entonces había sido inaccesible a los extranjeros. A fines de agosto de 1552, la expedición llega a la isla desierta de Sancián (Shang-Chawan) que dista unos 20 kilómetros de la costa y está situada 100 kilómetros al sur de Hong Kong.

Francisco Javier escribe desde ahí varias cartas. Una de ellas va dirigida a Pereira, a quien el santo decía: «Si hay alguien que merezca que Dios lo premie en esta empresa, es Ud. Y a Ud. se deberá su éxito». En seguida, describe las medidas que había tomado: con mucha dificultad y pagando generosamente, había conseguido que un mercader chino se comprometiese a desembarcarle de noche en Cantón. Mientras llegaba la ocasión, Javier cae enfermo. Como sólo quedaba uno de los navíos portugueses, el santo se encontró en la miseria. En su última carta escribe: «Hace mucho tiempo que no tenía tan pocas ganas de vivir como ahora». El mercader chino no volvió a presentarse. El 21 de noviembre, el santo se ve atacado por una fiebre y se refugia en el navío. Pero el movimiento del mar le hace mal, y al día siguiente pide que lo transporten de nuevo a tierra. En el navío predominaban los hombres de don Alvaro de Ataide, los cuales, temiendo ofender a éste, dejan a Javier en la playa, expuesto al terrible viento del norte. Un compasivo comerciante portugués le conduce a su cabaña, tan maltrecha, que el viento se colaba por las rendijas. Ahí estuvo Francisco Javier, consumido por la fiebre. Sus amigos le hacen algunas sangrías, sin éxito alguno. Entre los espasmos del delirio, ora constantemente. Poco a poco, se va debilitando. El sábado 3 de diciembre, según escribió Antonio, «viendo que estaba moribundo, le puse en la mano un cirio encendido. Poco después, entregó el alma a su creador y Señor con gran paz y reposo, pronunciando el nombre de Jesús». San Francisco Javier tenía entonces cuarenta y seis años y había pasado once en el oriente. Fue sepultado el domingo por la tarde. Al entierro asistieron Antonio, un portugués y dos esclavos.

Uno de los tripulantes del navío aconseja que llenen de barro el féretro para poder trasladar más tarde los restos. Diez semanas después, se procede a abrir la tumba. Al quitar el barro del rostro, los presentes descubren que se conservaba perfectamente fresco y que no ha perdido el color; también el resto del cuerpo estaba incorrupto y sólo olía a barro. El cuerpo es trasladado a Malaca, donde todos salen a recibirlo con gran gozo, excepto don Alvaro de Ataide. Al fin del año, es trasladado a Goa, donde los médicos comprueban que se halla incorrupto. Allí reposa hasta hoy, en la iglesia del Buen Jesús.

Francisco Javier fue canonizado en 1622, al mismo tiempo que Ignacio de Loyola, Teresa de Ávila, Felipe Neri e Isidro el Labrador. El Papa Pío X lo nombró Patrono de todos los misioneros porque fue sin duda uno de los misioneros más grandes que han existido, siendo llamado con justa razón el "gigante de la historia de las misiones".